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プロジェクト情報(概要) / Project information (abstract)

基本情報 / Basic Information

研究題目
Research Title
ゲノム比較と人流データの統合活用に基づく結核の伝播経路推定
Estimation of tuberculosis transmission based on comparative genomics and people flow data
状態
Status
実施中
Started
研究番号
Research Number
919
研究代表者
PI
和田 崇之 / 大阪市立大学 生活科学研究科
Takayuki Wada / Graduate School of Human Life Science, Osaka City University
事務担当者
Secretary
藤原 直哉 / 東北大学大学院情報科学研究科
Naoya Fujiwara / Graduate School of Information Sciences, Tohoku University
受入CSIS教員
CSIS reception staff
関本 義秀 / -
Yoshihide SEKIMOTO / -
研究内容
Abstract
結核は患者から患者へと伝染する感染症であり、その伝播経路推定は公衆衛生上において重要である。近年、患者由来の臨床分離株を遺伝子解析し、その相同性から感染源を推定する「分子疫学解析」が着目されている。本手法は感染伝播の科学的根拠として利用され、自治体における感染対策などにも導入されつつある一方、患者情報との統合的な解析、未知の伝播経路の解明においては十分に役割を果たしているとは言いがたい現状にある。  感染症の伝播には、感染源となる発症患者と被感染者が空間的に接触する必要があり、患者の居住地や移動パターンが病原体伝播の疫学的背景として重要な意義を持つ可能性が高い。そこで本課題では、メッシュごとの居住者における移動データから接触度を算出し、それに基づいてメッシュ間の距離を定義するとともに、結核菌株のゲノム比較から導き出された患者間伝播の実状との相関性を分析する。人が社会生活を営む中で起こる人流と、病原体ゲノミクスに基づく感染症伝播のエビデンスをつなぐことにより、新たな感染症モデルを生み出すとともに、結核分子疫学の抜本的な向上を目指す。
研究期間
Research Period
2019-09-03 - 2022-03-31

研究者 / Researchers

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藤原 直哉 東北大学大学院情報科学研究科
Naoya Fujiwara Graduate School of Information Sciences, Tohoku University
中谷 友樹 東北大学大学院環境科学研究科
Tomoki Nakaya Graduate School of Environmental Studies, Tohoku University
翁長 朝功 東北大学 学際科学フロンティア研究所
Tomokatsu Onaga FRIS, Tohoku University
和田 崇之 大阪市立大学 生活科学研究科
Takayuki Wada Graduate School of Human Life Science, Osaka City University
竹内 昌平 長崎県立大学看護栄養学部栄養健康学科
Shouhei Takeuchi Department of Nutrition Science, Faculty of Nursing and Nutrition, University of Nagasaki
山本 香織 大阪健康安全基盤研究所
Kaori Yamamoto Osaka Institute of Public Health
瀬戸 順次 山形県衛生研究所
Junji Seto Yamagata Prefectural Institute of Public Health

利用データセット / Datasets used

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Pending datasets are not shown.

【承認までお時間を要する可能性】【空間配分版】2008年東京都市圏 人の流れデータセット
People Flow 2008 Tokyo Metropolitan Area (Spatially Reallocated)
【承認までお時間を要する可能性】【空間配分版】2002年ジャカルタ 人の流れデータセット
People Flow 2002 Jakarta Metropolitan Area (Spatially Reallocated)
【承認までお時間を要する可能性】【空間配分版】2004年ハノイ 人の流れデータセット
People Flow 2004 Hanoi Metropolitan Area (Spatially Reallocated)
【承認までお時間を要する可能性】【空間配分版】2009年ダッカ 人の流れデータセット
People Flow 2009 Dhaka Metropolitan Area (Spatially Reallocated)
【承認までお時間を要する可能性】【空間配分版】 2010年近畿都市圏 人の流れデータセット
People Flow 2010 Kinki Metropolitan Area(spatially reallocated)
【承認までお時間を要する可能性】【空間配分版】 2003年ホーチミン都市圏 人の流れデータセット
People Flow 2003 Ho Chi Minh City Metropolitan Area(spatially reallocated)

研究成果 / Publications

研究成果は存在しません。
No Publication.

報告書 / Annual reports

報告書は存在しません。
No annual report.